Sukladno članku 43. stavku 3. statuta Pannon EGTS-a, Upravni odbor sastoji se od najviše devet članova. Njegovi članovi su predsjednik Glavne skupštine i predstavnici osam članova Glavne skupštine koje bira Glavna skupština. Glavna skupština bira dva člana predsjedništva s nacionalne strane koja daje predsjednika i tri s druge nacionalne strane. Teritorijalno načelo podrazumijeva podjelu cjelokupnog teritorija Udruge na takve cjeline, kojima se na demokratski način osigurava gospodarski i kulturni identitet odvojivih, većih geografskih cjelina u djelovanju Udruge, te da niti jedna nacionalna strana ne može donositi obvezujuće odluke za cijelo Partnerstvo bez pristanka druge strane.

Od dužnosnika koje je izabrala Glavna skupština, predsjednik - predstavljen Baranjskom županijom kao članicom, dr. sc. László Őri - , kao i pet potpredsjednika - Lendva, Verőce-Drávamente, Eszék-Baranya, Somogy, Zala, kao članovi koji predstavljaju županije Janezu Magyaru, Emini Kovač, Ivanu Anušiću, Norbertu Biróu i Imreu Pácsonyiju, istekao je u prosincu 17., 2023. I članovima nadzornog odbora Kálmánu Nagyu i Balázsu Kissu mandat je istekao 23. ožujka 2024. godine.

Skupština je jednoglasno odlučila izabrati baranjskog župana dr. bira László Őri za potpredsjednika, Emina Kovač ispred Verőce-Drávamente županije, Josip Miletić ispred Eszék-Baranya, Ratimir Ljubić ispred Kapronca-Kőrös županije, Janez Magyar ispred Lendve, Norbert Biró ispred Somogy županije, Imré Pácsonyi ispred Zala županije. Osim toga, Kálmán Nagy i Balázs Kiss izabrani su za članove nadzornog odbora na razdoblje od 3 godine.